在針對傳染病醫院(包括帶有傳染病房的綜合醫院)以及排入自然水體中的綜合醫院內汙水的處理過程中，二級處理階段中的工藝流程主要為“調節池 → 生物氧化 → 接觸消毒”。具體的運行過程首先是將醫院汙水通過化糞池流入調節池中，在調節池的前部通常都設置有自動格柵用來攔截水中較大的雜物，在調節池內設置有汙水提升水泵，汙水在池中經提升後進入好氧池內進行生物處理，經過好氧池處理後的出水再進入接觸池中經過消毒後出水達標即可排放。
在醫院汙水處理的過程中調節池、生化處理池、以及接觸池的汙泥及柵渣等在汙水處理站內形成的垃圾必須要進行集中消毒外運焚燒等處置，消毒的方式可以采用巴氏蒸汽消毒或者在其中投加石灰等方法。同時需要注意傳染病醫院的汙水和糞便最好分別進行收集處理。生活汙水可以直接進入預消毒池進行消毒處理後進入調節池進行後續處理，而病人的糞便應該先進行獨立消毒以後，再通過下水道進入化糞池中處理或者是進行單獨的處理。
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